Os jogadores começam projetando e personalizando seus personagens e escolhendo características faciais, gênero, corpo e voz. Muitos dos recursos do jogo são semelhantes ao seu antecessor, com algumas diferenças notáveis. Os pontos de fótons são anexados aos personagens, não às armas. Photon Charge também foi removido do jogo.

recurso
Os jogadores podem transferir personagens de Phantasy Star Portable para o jogo. No entanto, nem todos os dados podem ser transferidos. Os dados que podem ser transferidos incluem o nome do personagem e parte de sua aparência original. No entanto, os níveis de personagem e itens não são transferíveis. No entanto, como bônus para fazer isso, o jogador receberá um sabre de fótons chamado de “teste” e uma das quatro unidades blindadas, dependendo da classe selecionada. Os NPCs também podem dizer que o jogador é um ex-guardião.