O jogo inteiro é baseado na busca pelos Lordes Piratas para a Quarta Corte dos Irmãos (chamada Conclave Pirata) reunidos na Cidade do Naufrágio. O motivo desta pesquisa é tentar encontrar um remédio para o extermínio de piratas conduzido pelo pérfido Davy Jones. Na reunião será necessário combater este extermínio que pode levar ao desaparecimento definitivo da pirataria, e para isso será eleito o Rei dos Piratas, que decidirá o que fazer.

O capitão Jack Sparrow está preso na Prisão Fortaleza e é encontrado por seu pai: o capitão Teague Sparrow, que lhe dá uma espada e o ajuda a escapar. O pirata diz a Jack que ele tem que ir a Port Royal para procurar Tia Dalma: uma sacerdotisa vodu que conhece o segredo para derrotar Davy Jones. Depois de libertar alguns prisioneiros e escapar da fortaleza, Teague chuta seu filho empurrando-o para uma canoa, com a qual Jack navega por um tempo, até que ele se depara com o Pérola Negra. Observe imediatamente que todos os membros da tripulação estão escondidos e “Bootstrap” Bill Turner (pai de William Turner) o avisa sobre a ameaça de Jones pairando sobre ele e que ele deve se refugiar em terra firme.