Bakugan: Defenders of the Core atua essencialmente como o irmão mais velho de seu homólogo do DS. Além de manter a jogabilidade praticamente a mesma, tem vantagens óbvias na apresentação.

Este não é mais um jogo envolvendo bolinhas de gude. Em vez disso, ele se concentra nos monstros internos e em seus tamanhos gigantescos quando liberados para a batalha. Você é o único Bakugan Brawler não afetado pelos Cristais Vexos malignos que foram implantados em todo o mundo. Torna-se seu dever se juntar à resistência, recuperar todos os Bakugan roubados e derrubar os Vexos e seus planos covardes.

A estrutura do jogo é composta por missões furtivas e batalhas de monstros gigantes. Ao viajar pelo mundo todo para lugares como China e Egito, você precisará passar furtivamente pelos guardas que estão no caminho de seu objetivo. Seu confiável mármore Bakugan pode ser jogado para distraí-los ou para pegar itens inacessíveis. Outros dispositivos, como um dispositivo de camuflagem e óculos para ver as barreiras invisíveis, ajudam você em sua busca pela libertação.