As Cinco Grandes Nações estão em grande perigo: um exército de bonecas ambulantes chamado Puppet Walkers está atacando suas aldeias com a intenção de pegar “Spirit Orbs”,
que estão escondidos em cada terra. Eles tiveram sucesso em pegar os Orbes Espirituais de quatro dos cinco, o último é na Terra do Fogo.
Naruto: Uzumaki, que estava a caminho de Konohagakure, é interceptado por Kankuro, que está tentando avisar a vila sobre os Marionetes.
Mas eles chegam tarde demais e precisam lutar contra vários deles. Kakashi Hatake presta assistência aos dois ao confrontar um fantoche de lagarto em busca do Espírito Orbe.
No quarto do Quinto Hokage, Kankuro explica que os fantoches são as armas do clã Shirogane,
um grupo de marionetistas quase extintos e eles estão coletando os Orbes Espirituais com uma única intenção: reviver o Master Puppet,
uma arma de destruição em massa com o poder de destruir as Cinco Grandes Nações.