A jogabilidade do LEGO Harry Potter é semelhante à da maioria dos videogames LEGO anteriores, com foco na coleta, exploração e solução de quebra-cabeças. Lançar feitiços é parte integrante do jogo e existem vários feitiços disponíveis para desbloquear conforme o jogador avança. Existem muitos feitiços disponíveis no jogo, então os jogadores podem usar a roda de feitiços para selecionar feitiços. Preparar poções é outro recurso essencial. As poções podem ajudar os jogadores a completar os níveis ou, se criadas incorretamente, podem ter efeitos colaterais prejudiciais, como transformar jogadores em sapos.

As mudanças de mecanismo em relação aos jogos anteriores incluem a missão “Aluno em Perigo”, um grupo de desafios para ajudar os alunos e o jogador transferindo temporariamente um dos personagens do jogador para outra miniatura desbloqueada. Contém Poções Polissuco que podem ser convertidas. Uma grande mudança está no sistema de hub. O Diagon Array atua como um hub para a compra de extras desbloqueáveis, o Leaky Coldron atua como um hub para retornar aos níveis anteriores e Hogwarts atua como um grande hub em constante evolução para desbloquear. Estou tirando um retrato oculto de um possível personagem.