A história começa quando o jovem Frogger está curtindo um dia ensolarado com seu amigo Lumpy. Frogger então avista uma fruta lunar nas árvores e sai para pegá-la. Ele volta e percebe que Lumpy está se afastando e ele está usando o que parece ser um objeto de metal em sua cabeça. A jornada começa Frogger segue Lumpy até a praia. É quando ele percebe que o objeto de metal é um capacete de controle da mente. Ele assusta Lumpy, o que o faz pular e quebrar o capacete. Frogger então descobre que um crocodilo chamado Dr. Wani e seu assistente Ronin estão por trás dos capacetes de controle da mente. Agora cabe a Frogger pular, balançar e lutar enquanto ele se prepara para derrotar o Dr. Wani antes que ele domine o mundo. O final da história depende de como o jogador escolhe terminar os níveis.

A jogabilidade é semelhante ao jogo de arcade original de 1981, com alguns elementos modernos de jogos de plataforma. O objetivo de cada nível é que Frogger serpenteie através do tráfego para chegar ao outro lado. Na versão Nintendo DS, a ação se move de cima para baixo, enquanto na versão PSP os jogadores devem girar o console 90 graus. Após vários níveis, Frogger luta contra um chefe. Como bônus, Helmet Chaos inclui o jogo de arcade Frogger original de 1981 . A história tem vários finais, dependendo de como e onde o jogador escolhe terminar os níveis.